Pon la carne en una olla grande y cúbrela con suficiente agua y deja que hierva fuerte a fuego alto. Retira la espuma que se forme en la superficie. Agrega la mitad de cebolla, los dientes de ajo, 2 cucharaditas de sal, las pimientas negras, las semillas de cilantro y comino y revuelve bien. Reduce el fuego a medio-bajo, tapa la olla y cocina por 1 1/2 horas, o hasta que la carne esté muy suave y se pueda deshebrar fácilmente. Retira del fuego.
Saca la carne del caldo, aparta y cuela el caldo. Separa 1 1/2 cups del caldo para después y guarda o congela el resto para usarlo en otra cosa. Cuando la carne se haya enfriado, deshébrala o pícala en pedazos pequeños.
Para hacer la carne cocida sazonada:
Calienta el aceite en una olla o sartén amplio a fuego medio. Agrega la cebolla y las papas, sazona con 1/2 cucharadita de sal y cocina durante unos 10 minutos, revuelve de vez en cuando, hasta que las cebollas se suavicen y las papas se empiecen a dorar. Agrega los jitomates y cocina de 3 a 5 minutos, o hasta que los jitomates estén suaves y aguados. Agrega los chiles y la otra 1/2 cucharadita de sal y cocina de 3 a 4 minutos, revuelve seguido, hasta que la mezcla esté bien sazonada y homogénea.
Para hacer las chimichangas:
Calienta un comal, asador o sartén a fuego medio-bajo durante al menos 3 o 4 minutos. Calienta un par de tortillas de harina a la vez (o una por una por una si no caben más en el sartén o comal en una sola capa), un minuto por lado, hasta que estén calientes. Quita las tortillas del asador y una por una, pon un par de cucharadas generosas de la carne cocida. Enrolla la tortilla, y después de enrollarla una vez, dobla los lados y sigue enrollando para hacer un paquete alargado con forma de burrito.
Cuando todas las chimichangas estén listas, calienta 2 cucharadas de aceite en un sartén a fuego medio. Cuando el aceite esté caliente, pon las chimichangas en el sartén con el lado del doblez hacia abajo y dóralas durante un minuto por lado, hasta que agarren color. Sírvelas con lechuga, queso y si quieres, jitomate, aguacate y salsa.