Precalienta el horno a 177°C con una rejilla en el tercio inferior. En un plato, mezcla la harina con 1 cucharadita de sal y 1 cucharadita de pimienta y pasa todos los chamorros por la mezcla para cubrirlos bien. Sacude el exceso de harina.
En un tazón pequeño, mezcla los chipotles, el vinagre, la pasta de tomate, el orégano y la ½ cucharadita de sal y de pimienta.
Calienta el aceite en una olla grande para horno a fuego alto. Cuando esté caliente, dora los chamorros un par de minutos por lado para un total de 8 a 10 minutos (por todos los chamorros). Pásalos a un platón.
Reduce el fuego a medio, agrega la cebolla, el apio y las zanahorias y cocina de 4 a 5 minutos, revolviendo de vez en cuando, hasta que se suavicen y se empiecen a dorar. Agrega el ajo y cocina durante un minuto más hasta que esté fragantes. Vierte la cerveza y deja que hierva, raspando la olla con una cuchara de madera para incorporar todos los ingredientes. Hierve unos 3 minutos para que se evapore el alcohol.
Vierte el caldo, deja que hierva y agrega la mezcla de chipotle y revuelve bien. Añade los chamorros y báñalos con la salsa usando una cuchara. Tapa la olla y métela al horno de 2½ a 3 horas, hasta que la carne esté muy suave y se desprenda del hueso.
Saca los chamorros del horno y sirve con tortillas de maíz calientes y guacamole.