Tuesta los chiles en un comal o sartén caliente de 10 a 15 segundos por lado, para que se suavicen y suelten su aroma. Luego, ponlos en una olla con los tomates verdes, el jitomate y el ajo. Cubre todo con agua y hierve a fuego medio-alto durante 10 minutos, hasta que estén suaves y cocidos. Licua los chiles con los dos clavos, la canela, el orégano, la sal y la pimienta. Reserva.
En un sartén grande, calienta 3 cucharadas de aceite a fuego medio-alto. Añade con cuidado las piezas de pollo del lado con piel y dora de 3 a 4 minutos cada lado. Agrega la cebolla y acitrónala de 2 a 3 minutos. Vacía el puré en el sartén, agrega la hoja santa si la vas a usar y cocina todo hasta que se espese, de 8 a 10 minutos.
Añade el caldo de pollo y hierve a fuego medio de 15 a 20 minutos. Reduce el fuego a medio-bajo y añade los chochoyotes uno a uno. Cocina de 12 a 15 minutos, o hasta que los chochoyotes estén cocidos y el mole se espese como para cubrir la parte de atrás de una cuchara de madera.