En un comal o sartén pequeño a fuego medio-bajo, tuesta las pepitas de 3 a 4 minutos, hasta que estén ligeramente tostadas. No dejes que se pongan cafés o que se quemen. Retira del fuego. Cuando se enfríen, pícalas finamente o muélelas en un molino para especias o procesadora de alimentos junto con 1/2 cucharadita de sal. Pásalas a un tazón. Aparta.
Tuesta o tatema el chile habanero en un comal precalentado a fuego medio, o en el horno a temperatura alta de 6 a 8 minutos, volteándolo una vez. Retira del fuego, quítale el tallo y las semillas y pícalo. Ponlo en un tazón pequeño, agrega el jugo de lima dulce y la 1/2 cucharadita de sal restante y revuelve. Aparta.
Calienta aceite en una olla grande a fuego medio. Cuando esté caliente, agrega la cebolla y el chile y cocina de 5 a 6 minutos, hasta que se suavice. Sube el fuego a medio-alto, vierte el caldo de pollo y cuando empiece a hervir, agrega las hojas de chaya. Cocina durante un par de minutos, sólo hasta que se marchiten. Pruébala para ver si necesita más sal.
Sirve la sopa en tazones y deja que cada uno de tus invitados le ponga pepitas molidas, habanero en jugo de lima dulce y sal al gusto. Acompáñala con tortillas con hierbas frescas o quesadillas.